În lume, el se numea Nicolae Kallivourtzis, născut în 1749 pe Naxos din părinți evlavioși. De la o vârstă fragedă, aspira la curățirea inimii și la o viață îngerească. A început educația cu preotul paroh și apoi a studiat la o școală evanghelică din Smirna, unde a stăpânit multe limbi și cunoștințe.
În 1770, s-a întors pe Naxos, unde l-a întâlnit pe Sfântul Macarie Notaras, care l-a atras în pregătirea publicării cărților patristice. În 1775, a venit pe Muntele Athos, a primit schima cu numele Nicodim și a început să lucreze la Mănăstirea Dionisiu.
În 1777, a început să editeze colecția 'Filocalia' și alte lucrări patristice. În curând, s-a mutat la Schitul Pantocrator, unde, sub îndrumarea Părintelui Arsenie, a studiat Sfintele Scripturi și scrierile Sfinților Părinți, dedicându-se luptelor spirituale.
În 1783, a acceptat schema și a petrecut șase ani în tăcere, după care s-a întors la munca literară. A murit pe 14 iulie 1809, împărtășindu-se cu Darurile Sfinte și fiind în rugăciune. A fost îngropat în chilie Skourteia din Karyes.
Sfântul Nicodim a devenit cunoscut ca un scriitor ascetic și editor de scrieri patristice. Venerarea sa a crescut, iar în 1955 a fost canonizat. Memoria sfântului este sărbătorită pe 14 iulie.
