Ο ιερομάρτυρας Εφραίμ γεννήθηκε στις 28 Ιανουαρίου 1874 στον οικισμό Πετρόβκι, της επαρχίας Ανάνιγιεφ, στο Κυβερνείο της Χερσώνας. Ήταν γιος του πρωθιερέα Εφραίμ Παύλοβιτς Ντολγκάνεφ, ο οποίος αργότερα έγινε αρχιμανδρίτης Ιννοκέντιος, και αδελφός του επισκόπου Ερμογένη (Ντολγκάνεφ). Ο άγιος δίκαιος Ιωάννης της Κρονστάνδης έτρεφε μεγάλη αγάπη και βαθύ σεβασμό προς τον επίσκοπο Ερμογένη και έλεγε ότι ήταν ήσυχος για την τύχη της Ορθοδοξίας και μπορούσε να πεθάνει γνωρίζοντας ότι οι επίσκοποι Ερμογένης και Σεραφείμ (Τσιτσάγκοφ, μνήμη 28 Νοεμβρίου) θα συνέχιζαν το έργο του. Προφητεύοντας το μαρτυρικό τέλος του ιεράρχη, ο πατήρ Ιωάννης τού έγραψε το 1906: «Βρίσκεστε σε αγώνα· ο Κύριος ανοίγει τον Ουρανό, όπως στον αρχιδιάκονο Στέφανο, και σας ευλογεί».
Ο Εφραίμ ήταν δεκαέξι χρόνια νεότερος από τον επίσκοπο Ερμογένη. Αφού αποφοίτησε από την Ιερατική Σχολή της Οδησσού, το 1887 εισήχθη στην Ιερατική Σχολή ανώτερης βαθμίδας της Οδησσού, από την οποία αποφοίτησε το 1893 με άριστη επίδοση. Παρά τη δύσκολη οικονομική του κατάσταση, συνέχισε τις σπουδές του στη Θεολογική Ακαδημία της Μόσχας. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του ο Εφραίμ έζησε μέσα σε μεγάλη στέρηση, αλλά ήταν έτοιμος να υπομείνει τα πάντα, αρκεί να αξιωνόταν να διακονεί στην Εκκλησία, να τελεί τη Θεία Λειτουργία και να κηρύττει τον λόγο του Θεού.
Ο Εφραίμ Ντολγκάνεφ νυμφεύθηκε τη Βαρβάρα, κόρη ιερέα του Καθεδρικού Ναού των Αγίων Πέτρου και Παύλου στην Αγία Πετρούπολη, και λίγο μετά τον γάμο του έλαβε τον ιερατικό βαθμό. Στις 28 Ιανουαρίου 1902 χειροτονήθηκε πρεσβύτερος.
Μετά τη Φεβρουαριανή Επανάσταση του 1917, ο πατήρ Εφραίμ μετακόμισε με την οικογένειά του στο Τομπόλσκ, όπου τότε διακονούσε ο επίσκοπος Ερμογένης. Τον Απρίλιο του 1918, όμως, ο επίσκοπος συνελήφθη από τους Μπολσεβίκους και μεταφέρθηκε στο Αικατερινμπούργκ.
Μετά τη σύλληψη του αδελφού του, ο πρωθιερέας Εφραίμ συμμετείχε σε επισκοπική αντιπροσωπεία που προσπαθούσε να επιτύχει την απελευθέρωση του αρχιποιμένα. Στην αντιπροσωπεία συμμετείχαν επίσης ο ιερέας Μιχαήλ Μακάροφ και ο δικηγόρος Κ. Α. Μινιάτοφ. Οι προσπάθειές τους κατέληξαν στη σύλληψη και των τριών. Λίγο αργότερα εκτελέστηκαν διά τυφεκισμού.
Τον Αύγουστο του 2000, στη Σύνοδο των Επισκόπων της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας, οι ιερομάρτυρες Ερμογένης, Εφραίμ, Πέτρος και Μιχαήλ, καθώς και ο μάρτυρας Κωνσταντίνος, κατατάχθηκαν στη χορεία των Νεομαρτύρων και Ομολογητών της Ρωσικής Εκκλησίας για πανορθόδοξη εκκλησιαστική τιμή.
