Священномученик Ефрем родился 28 января 1874 года в местечке Петровки Ананьевского уезда Херсонской губернии. Он был сыном протоиерея Ефрема Павловича Долганева (впоследствии архимандрита Иннокентия) и братом епископа Гермогена (Долганева). С большой любовью и уважением относился к епископу Гермогену святой праведный Иоанн Кронштадтский, говоря, что за судьбу Православия он спокоен и может умереть, зная, что епископы Гермоген и Серафим (Чичагов, память 28 ноября) продолжат его дело. Предрекая мученическую кончину Святителя, батюшка писал ему в 1906 году: «Вы в подвиге, Господь отверзает Небо, как архидиакону Стефану, и благословляет Вас».
Ефрем был младше владыки Гермогена на 16 лет. Окончив Одесское духовное училище, в 1887 году он поступил в Одесскую духовную семинарию, которую окончил по первому разряду в 1893 году и, несмотря на тяжелое материальное положение, поступил в Московскую духовную академию. Во время учебы Ефрем терпел крайнюю нужду, но готов был на всё, только бы удостоиться служить в Церкви, совершать Божественную литургию и проповедовать слово Божие.
Ефрем Долганев женился на девице Варваре, дочери священника Петропавловского собора Санкт-Петербурга, и вскоре после венчания принял священный сан. 28 января 1902 года Ефрем Долганев был рукоположен во священника.
После Февральской революции 1917 года отец Ефрем с семьей перебрался в Тобольск, где в это время стал служить епископ Гермоген. Но в апреле 1918 года владыка был арестован большевиками и перевезен в Екатеринбург.
После ареста брата протоиерей Ефрем вошел в состав епархиальной делегации, хлопотавшей об освобождении архипастыря, куда входили священник Михаил Макаров и присяжный поверенный К.А. Минятов. Хлопоты окончились арестом всех троих. Вскоре они были расстреляны.
В августе 2000 года на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви священномученики Гермоген, Ефрем, Петр, Михаил и мученик Константин были причислены к лику святых новомучеников и исповедников Церкви Русской для общецерковного почитания.
