Преподобний Ніл народився в Деревській П'ятині, Жабенського погоста, і був пострижений у монастирі "Крыпец". Ушов у пустелю в Ржевський уїзд, де жив тринадцять років у пості та молитві, харчуючись травами та жолудями. Диявол спокушав його різними видіннями, але святий стійко протистояв. Після молитви Ніл отримав вказівку йти на острів Столобенський, де облаштував собі келію та каплицю, проводячи життя в молитвах і трудах.
На острові він стикався з нападами демонів і злих людей, але завжди залишався під захистом Божим. Одного разу розбійники, напавши на нього, осліпли, але після молитви святого прозріли. Ніл обличав грішників, допомагав їм на шляху до покаяння і приймав дари від праведних рибалок.
Преподобний подвизався на острові двадцять сім років, готуючи собі місце поховання. Перед кончиною він молив Господа про причастя Святих Таїн, і його бажання було виконано. У 1554 році, 7 грудня, він преставився до Господа, залишивши після себе безліч чудес і настанов для віруючих.
Нілов Столобенський монастир був заснований у 1594 році, а мощі святого були виявлені в 1667 році. Щороку 27 травня відбувається хресний хід на його честь.
