Чудотворна икона Светог Николе, заштитника манастира Григоријата, налази се у проскинитаријуму испред десног стуба Саборне цркве.
Манастирска предања су до данас сачувала многа стара и нова светитељева чуда, записана у рукописима и делимично објављена у књизи монаха Григоријата, старца Варлама. Између осталих, описани су и следећи догађаји: априла 1850. године један брод се привезао за арсане (пристаниште) манастира да утовари дрва. Док је утовар био у току, подигао се јак ветар који је толико узбуркао море да се брод замало потонуо. Изгубивши сваку наду, морнари су се обратили Светом Николи и замолили монахе да се помоле светитељу. Већ после првих речи молитве ветар је утихнуо и на мору је завладало затишје. Морнари су се захвалили светитељу и касније му поклонили малу сребрну лађу као симбол вечног сећања, која је и данас везана за икону Светог Николе.
Свети Никола је приказан према устаљеном типу иконографије, фронтално, обучен у ризу (монашку хаљину), десном руком он благосиља, а левом држи затворено Јеванђеље. Лево од светитеља је приказан Христ, а десно Богородица. Они су насликани са јеванђељем (Христ) и омофором (Богородица), што нас упућује на чудо које се догодило током Првог Васељенског Сабора 325. године у Никеји. Изнад ореола Светог Николе, украшеног рељефним листовима акантуса, у три медаљона налази се барељефни натпис на старословенском језику: «Свети Никола». Исти натпис се понавља на грчком на златној позадини иконе Николе Мирликијског Угодника Божијег. Фигура светитеља налази се у дубини свода, подупртог стубовима који деле вертикални простор иконе на две зоне, у којима је приказано по шест фигура светаца. Натписи на старословенском језику који прате већину фигура помажу да се оне идентификују. Сигурно је да је први пар светитеља, почевши од врха, то је нико други него Јован Златоусти и Василије, затим Григорије и Атанасије, Кирило и Спиридон, и друга два пара светаца без одговарајућих натписа. Фигуре архијереја на последњем нивоу употпуњени су присуством двојице ђакона, Светог Стефана лево и Светог Романа десно. На икони се налази и каснији слој боје, очигледно из 18. века, који се налази на одежди, Јеванђељу и на десној руци светитеља.
Натпис на старославенском језику у доњем делу иконе гласи: «Деисус слуге Божијег у спомен [.....] грешног игумана». Године 1838. трудом проигумана манастира Нектарија икона је добила леп сребрни оков који понавља иконографију рукописне иконе Светог Николе Угодника Божијег. Пропратни натпис гласи: „Деисус слуге Божијег Нектарија / проигумана манастира Григоријата / рођеног на острву Хиос / 1838. година, месец новембар».
