Під час гонінь на християн благочестива вдова Юліанія ховалася від переслідувань з двома малолітніми дітьми Іоанном і Фімістією. Своїх дітей вона постійно навчала молитвам і читанню Священних Книг. Час від часу юнак Іоанн таємно відвідував сусідню обитель, наражаючи себе на небезпеку.
Одного разу він зустрів благочестиву людину, яка порадила знайти для молитов більш пустельне місце. Повернувшись додому, юнак сказав матері, що йде до одного благочестивого чоловіка. Думаючи, що син скоро повернеться, мати відпустила його. Іоанн відправився до пустельника Фармуфія і, прийнявши від нього благословення, пішов у пустелю.
Молодий подвижник знайшов порожній глибокий колодязь, в якому було багато змій, скорпіонів та інших гадів, і, помолившись, кинувся вниз, але, чудесно підтриманий Ангелом, залишився неушкодженим. На дні колодязя він провів у молитві з хрестоподібно складеними руками без їжі і сну сорок днів, поки змії не покинули колодязь.
Одного разу Ангел, який приносив їжу пустельнику Фармуфію, приніс хліб і для святого Іоанна. Ангел не приносив хліб прямо Іоанну, щоб юний подвижник не загордився. З тих пір святий юнак отримував Небесну їжу через Фармуфія.
Юному подвижнику довелося випробувати багато спокус від диявола. Біси приймали образ матері, сестри, родичів і знайомих святого Іоанна, щоб розжалобити подвижника і змусити його перервати подвиг. Всі вони з плачем по черзі підходили до колодязя, просячи преподобного Іоанна вийти до них. Весь цей час святий не припиняв молитви і після її закінчення вимовив: «Відійдіть від мене», - і біси зникли.
До самої своєї блаженної кончини, що сталася в IV столітті, святий Іоанн жив у колодязі, невпинно подвизаючись у пості і молитві. Промислом Божим для його поховання прийшов чернець Хрисихій, який подвизався в пустелі протягом тридцяти років. Напередодні смерті преподобний Іоанн після довгих прохань докладно розповів Хрисихію про своє життя і подвиг спасіння. Після його смерті біля місця його подвигів відбувалися численні чудеса.
