Про походження та ранні роки його життя відомостей не збереглося. Він почав свої подвиги в Москві, потім перейшов до Костромського Воздвиженського монастиря, де, прийнявши монаший постриг, прожив 13 років. Преподобний Ферапонт прославився чудотворіннями.
Одного разу він з'явився у сні двом інокам Павло-Обнорського монастиря, Пафнутію та Андріану, і наказав їм заснувати обитель на березі річки Монзи. Уникаючи людської слави, він відійшов з Воздвиженського монастиря і деякий час жив відшельником. Коли монастир на річці Монзі був побудований старцем Андріаном, преподобний прославив його двома чудесами: з'явившись у сні рибалці та ковалі, він передбачив, що їхні діти зціляться в новому монастирі. І справді, обидва юнаки зцілилися.
Преподобний Ферапонт прийшов до Благовіщенського монастиря і попросив ігумена Андріана стати його духовним батьком. Два роки його перебування в монастирі були часом великої смиренності та аскетичних подвигів. Монастир завжди був йому дорогий, він чудесно сприяв його устрою та захисту.
Передбачивши день своєї кончини, святий попрощався з братією і мирно відійшов 12 грудня 1597 року. Перед смертю він попросив дати йому святу воду, і, виконавши його волю, йому дали святу воду, яку він проковтнув. У літопису монастиря описані численні зцілення біля гробу преподобного. Він врятував судно від загибелі під час проходження через пороги на річці Костромі і передбачив голод 1601 року.
Через 20 років після кончини були знайдені його нетлінні мощі, при цьому навіть ризи залишилися цілими.
