О пореклу и раним годинама његовог живота нема сачуваних података. Почео је своје подвиге у Москви, затим прешао у Костромски Воздвиженски манастир, где је, примивши монашки постриг, живео 13 година. Благоверни Ферапонт прославио се чудотворствима.
Једном се појавио у сну двојици монаха Павло-Обнорског манастира, Пафнутију и Андријану, и заповедио им да оснују обитељ на обали реке Монзе. Избегавајући људску славу, повукао се из Воздвиженског манастира и неко време живео као пустињак. Када је манастир на реци Монзи изградио старац Андријан, благоверни га је прославио са два чуда: појавивши се у сну рибару и ковачу, предвидео је да ће се њихова деца излечити у новом манастиру. И заиста, обојица младића су се излечили.
Благоверни Ферапонт дошао је у Благовештенски манастир и замолио игумана Андријана да постане његов духовни отац. Две године његовог боравка у манастиру биле су време велике понизности и аскетских подвигâ. Манастир му је увек био драга, дивно је помагао у његовом уређењу и заштити.
Предвиђајући дан своје смрти, свети се опростио од браће и мирно преминуо 12. децембра 1597. Пре смрти је тражио да му дају свету воду, и испунивши његову вољу, дали су му свету воду, коју је прогутао. У летопису манастира описане су бројне исцељења код гроба благоверног. Спасио је брод од пропасти приликом проласка кроз брзака на реци Костроми и прорекао глад 1601. године.
Двадесет година након његове смрти, пронађени су његови нетрулежни мошти, при чему су чак и његове хаљине остале нетакнуте.
