О происхождении и ранних годах его жизни сведений не сохранилось. Начал он свои подвиги в Москве, затем перешел в Костромской Воздвиженский монастырь, где, приняв монашеский постриг, прожил 13 лет. Преподобный Ферапонт прославился чудотворениями.
Однажды он явился во сне двум инокам Павло-Обнорского монастыря, Пафнутию и Андриану, и повелел основать обитель на берегу реки Монзы. Избегая славы человеческой, он удалился из Воздвиженского монастыря и некоторое время жил отшельником. Когда монастырь на реке Монзе был построен старцем Андрианом, преподобный прославил его двумя чудесами: явившись во сне рыбаку и кузнецу, он предсказал, что их дети исцелятся в новом монастыре. И действительно, оба юноши исцелились.
Преподобный Ферапонт пришел в Благовещенскую обитель и попросил игумена Андриана стать его духовным отцом. Два года его пребывания в монастыре были временем великого смирения и аскетических подвигов. Монастырь был всегда дорог ему, он чудесно содействовал его устроению и защите.
Предузнав день своей кончины, святой простился с братьей и мирно почил 12 декабря 1597 года. Перед смертью он просил дать ему святой воды, и, исполнив его волю, ему дали святой воды, и он проглотил ее. В летописи монастыря описаны многочисленные исцеления у гроба преподобного. Он спас судно от гибели при прохождении через пороги на реке Костроме и предсказал голод 1601 года.
Через 20 лет после кончины были обретены его нетленные мощи, при этом даже ризы были целыми.
