На приобалној падини код манастира Ватопед сачуване су рушевине прве зграде Светогорске академије – Атонијаде. Њихова величина је импресивна. Око храма пророка Илије, крила ове грађевине чине правоугаоник, унутар којег се налазило 170 ђачких келија, као и келије наставника и учионице.
Први пут Атонијада је била основана 1748.-1749. године на иницијативу манастира Ватопед и Васељенског патријарха Кирила V, поставши прва академија на Атосу (према садашњој класификацији, она би имала статус високошколске установе).
18. век је време економског процвата поробљеног хеленизма; овај процват на Светој Гори испољава се у грандиозним пројектима на обнављању свих манастира, почевши од средине столећа. Економски бум је био директно повезан са трговином и развојем грчких насеља у великим међународним центрима; стога је 18. век, поред економског раста, први пут довео потлачене Грке у додир са западним начином живота и његовим интелектуалним проблемима.
Идеје западноевропског просветитељства су се шириле на Исток, изазивајући различите интелектуалне потресе и оштру реакцију од стране цркве. Отварање Атонске академије на почетку 18. века сведочи да је образовање било приоритет; такође оно показује с којим поштовањем су потлачени Грци третирали достигнућа западне науке и филозофије.
За директора Атонијаде је био постављен научник Евгеније Вулгарис који је предавао филозофију; на академији такође су предавали Неофитос Кавсокаливитис (филологија) и Панагиотис Паламас (класичне науке). Изнад улаза у Атонијаду, опонашајући Академију Платона, Вулгарис је ставио натпис "Γεωμετρήσων εισίτω· ου κωλύω - Τω μη θέλοντι συζυγήσω τας θύρας" («Нека уђу они који воле геометрију — нећу их ометати; а за остале ћу затворити врата»).
Ђаци школе су били свети новомученик Козма Етолски и научник Јосиф Мисиодак који је касније постао директор гречке школе в Јаши (Румунија). На Атонијади студирао је и Рига од Фере (Ригас Фереос) који је такође био монах-искушеник. Није довољно истражено служење Ригаса на Атосу као и то, како је оно утицало на идеје његове карте ("Карта Риге" — географска мапа Грчке) која је предвидела заједништво православних народа Балканског полуострва, сасвим је прикладно за суживот православних странаца на Светој Гори.
Школа није дуго трајала; већ 1759. године Вулгарис је напушта, а убрзо затим, 1809. године, Атонска академија престаје са радом. Мисиодак је оплакивао затварање Атонијаде: «Где си, славни Евгеније? Где је велики хор студената који је, на радост Грчке, окупио нови Хеликон – обитавалиште муза и њихових ђака? Није остало никог; гром је ударио и распршио оне који су предавали и који су учили, а та зграда, због које је толико грмело у краљевству и широм Грчке, постала је гнездо врана!» Према речима Вулгариса, кривац за распад академије биле су фракције створене унутар Атонијаде; међутим, сада се поуздано зна да су њено функционисање поткопали (веома импресивно, како се испоставило) сами атонски монаси, који су веровали да је Вулгарис предавао дела западних филозофа-природњака који су промовисали атеизам.
Многи историчари сматрају да је затварање Атонијаде црна страница у историји Свете Горе, причају и о монасима-мрачњацима који су се борили против просветитељства. Реакција монаха се заиста може окарактерисати као рани израз феномена «културне револуције», односно истребљења интелектуалаца, која је обележила многе режиме у 20. веку. У сваком случају, јаз између образованих и углавном неписмених монаха у то време био је огроман, а мали број образованих људи није био довољан да се формира «критична масса» која би могла да несметано прати свој пут.
Затварање Атонијаде уништило је сваку перспективу или могућност оснивања образовне установе на Светој Гори која би била еквивалентна универзитетима попут Оксфорда или Кембриџа. Али хајде да се осврнемо на речи британског путописца који је посетио Свету Гору убрзо након што је дипломирао на Оксфорду:
Када се готика претворила у утилитаризам, она је постала одвратна: погледајте Оксфорд и Кембриџ. На Светој Гори се може учити тачан еквивалент енглеских универзитетских колеџа, како по датуму оснивања тако и по изгледу. Атос је постигао оно чему теже модерне архитекте: да у утилитарно – зидове у којима се одвија свакодневна рутина – усади осећај бекства од стварности. Баш тако је деловала религија у Византији. Док је Латинска црква настојала да постигне управо супротно: да одвоји недељу од радних дана... За разлику од Запада, манастири на Истоку нису били првенствено центри знања, већ узори идеалног друштвеног поретка. Оно што су схватили и Буонделмонти и Белон који су писали пре него што се западно монаштво изложило утицају Реформације. (Роберт Бајрон, «Станица. Атос», «Благо и људи», 1927).
1845. године Атонијада је поново отворена у центру Свете Горе – граду Кареји као школа [тј. средња школа]. Њен рад није био континуиран; крајем 19. века научник Герасимос Смирнакис се жалио на неадекватност наставног кадра. 1930. године Атонијада је била премештена на своју садашњу локацију у близини скита Светог Андреја.
Бивши директор Атонијаде, епископ Хризостом Родостолу, у својим мемоарима описује бројне препреке са којима је школа морала да се суочи: за време војне диктатуре (1967-74), цивилни гувернер је одбио да одобри буџет за рад генератора, па су ученици били приморани да читају у светлу гасне лампе.
Т. С. Елиот сумира ток људске мисли, говорећи да смо «напустили мудрост, фасцинирани знањем; напустили смо знање и постали заробљеници информација». Ако је мудрост знање које омогућава опстанак, онда опстанак Свете Горе два и по века након затварања Атонијаде може да нас наведе да у одбацивању академије од стране Атонаца препознамо одређена семена мудрости.