Γεννήθηκε στην πόλη Ιωάννινα, στην Ήπειρο. Μετά τον θάνατο των γονιών του, έγινε ορφανός και μετακόμισε στην Κωνσταντινούπολη, όπου εργάστηκε ως τεχνίτης. Για τη virtuous ζωή του, ονομάστηκε "ο Ηπειρώτης." Εκείνη την εποχή, η Κωνσταντινούπολη ήταν υπό μουσουλμανική κυριαρχία, και πολλοί Χριστιανοί απομακρύνονταν από την πίστη τους. Ο Άγιος Ιωάννης ομολόγησε ανοιχτά τον Χριστιανισμό και κατήγγειλε τους αποστάτες, για τον οποίο έγινε στόχος μίσους από τους γείτονές του.
Τη Μεγάλη Παρασκευή, εξομολογήθηκε στον πνευματικό του πατέρα και εξέφρασε την επιθυμία του να υποφέρει για τον Χριστό. Ο πρωτοψάλτης τον προειδοποίησε, αλλά ο Ιωάννης ήταν αποφασισμένος. Μετά από ένα όραμα σε όνειρο, όπου δεν κάηκε στη φωτιά, ξαναγύρισε στον πνευματικό του πατέρα για υποστήριξη.
Στην αγορά, κατηγορήθηκε ότι απαρνήθηκε τον Χριστό και οδηγήθηκε σε δίκη. Ομολόγησε σταθερά την πίστη του παρά τις απειλές και τα χτυπήματα. Εγκλείστηκε στη φυλακή, όπου συνέχισε να προσεύχεται και δεν απαρνήθηκε τον Χριστό. Μετά από φρικτές βασανιστήρια, καταδικάστηκε σε πυρρά.
Στον δρόμο προς τον τόπο εκτέλεσης, συνέχισε να ομολογεί την πίστη του παρά τις ταπεινώσεις. Όταν τον έφεραν στην πυρά, μπήκε ο ίδιος στις φλόγες, αλλά τον τράβηξαν οι δήμιοι. Τελικά, καταδικάστηκε σε αποκεφαλισμό. Ο Άγιος Ιωάννης αποδέχθηκε τον μαρτυρικό θάνατο στις 18 Απριλίου 1526.
Παρά την καύση, οι πιστοί βρήκαν μέρη των οστών του, τα οποία φύλαξαν με ευλάβεια, δοξάζοντας τον Χριστό. Αμήν.
