Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του αυτοκράτορα Ιουλιανού, ξεκίνησαν σφοδρές διώξεις εναντίον των Χριστιανών. Ο Άγιος Αιμιλιανός ζούσε την εποχή εκείνη στη γενέτειρά του, την πόλη Δορόστολο της Θρακικής Μοισίας, όπου ήταν δούλος ενός σκληρού και φανατικού ειδωλολάτρη.
Όταν ο τελευταίος έμαθε για τη βαθιά πίστη του αγίου, προσπάθησε να τον πείσει να προσκυνήσει τα είδωλα. Μετά από πολλές αποτυχημένες προσπάθειες, εξοργίστηκε, τον έβρισε και τον μαστίγωσε με σκληρότητα. Ωστόσο, οι τιμωρίες και οι απειλές ενέτειναν το θάρρος και την πίστη του αγίου, ο οποίος άρχισε να καταστρέφει τα είδωλα και τους ναούς των παγανιστών.
Ο αφέντης του, μαθαίνοντας για τις πράξεις του, έσπευσε να τον καταγγείλει ζητώντας την άμεση τιμωρία του. Ο Άγιος Αιμιλιανός συνελήφθη και ομολόγησε με θάρρος την πίστη του. Ο κυβερνήτης, οργισμένος, διέταξε να τον βασανίσουν.
Υπέμεινε ταπεινά κάθε ταλαιπωρία, δοξάζοντας τον αληθινό Θεό και ζητώντας τη στήριξή Του. Τελικά, ρίχτηκε στην πυρρά. Αν και η φωτιά δεν κατάφερνε να κατακαύσει το σώμα του, ο άγιος παρέδωσε εν ειρήνη την ψυχή του στον Κύριο.
Το σώμα του τάφηκε με τιμές από τους χριστιανούς, ενώ αργότερα, μετά το τέλος των διωγμών, χτίστηκε ένας ναός προς τιμήν του. Ο Άγιος Αιμιλιανός μαρτύρησε στις 18 Ιουλίου του 363.
