Клімат півострова Афон загалом середземноморський, з м’якою зимою та прохолодним літом. Це пов’язано з благотворним впливом моря, яке його оточує. Кількість опадів коливається від 600 до 800 міліметрів, але на найвищій вершині, на горі Афон, вона перевищує 1000 мм.
Півострів Афон, більш відомий як Гора Афон, є найсхіднішим із трьох півостровів Халкідік. Він відрізняється від двох інших не тільки географічними, але й геологічними, кліматичними та історичними характеристиками. Все це чітко простежується в особливостях флори та фауни цього регіону.
Півострів Афон відрізняється крутими схилами вздовж узбережжя, сильною складчастістю, тобто вираженим рельєфом і наявністю самої гори Афон, що різко підноситься у вигляді піраміди, яка досягає понад 2000 метрів (2033 м) у висоту. Цей характерний рельєф у поєднанні з крутими берегами та морськими течіями на південному краю, ймовірно, став причиною того, що Афон не став об’єктом колонізації в давнину. Його ж можна віднести до однієї з основних причин заснування тут відокремленої чернечої держави. Ця географічна ізоляція місцевості сприяла збереженню первозданного різноманіття флори і фауни, а також появі 37 ендемічних видів рослин.
Півострів Афон кліматично відрізняється від двох інших «пальців» Халкідік, на яких переважає середземноморський клімат. На клімат півострова Афон впливає висота над рівнем моря, а також північно-східні вітри, що переважають у цьому районі, та висхідні й низхідні повітряні потоки, зумовлені крутими схилами гори Афон. Таким чином, у північній частині та вздовж узбережжя півострова Афон переважає середземноморський клімат, а в центральній частині півострова — перехідний клімат від Середземномор'я до материка; саме тому тут ростуть переважно листяні та широколистяні дерева (дуб, каштан, бук), а також гірські середземноморські хвойні породи (ялиця, чорна сосна).
У високогірній частині Афону, на висоті близько 1600 м, переважає континентальний клімат.
Результатом великої різноманітності геологічних утворень і гірських порід, топографічного рельєфу та кліматичних типів стало те, що півострів Афон відрізняється великим біорізноманіттям на всіх рівнях. Про це свідчить велика кількість видів флори та фауни (понад 1200 видів рослин, 350 видів грибів), форм рослинності (близько 50 типів рослинних угруповань) та різноманіття ландшафтів. Типи рослинності та ландшафтів створюють унікальну мозаїку, яка рідко зустрічається на такій невеликій території — площа Афону становить усього 30 000 га.
Різноманіття геологічних утворень і гірських порід, багатогранність ґрунту, велика висота гори Афон, яка пірамідою круто піднімається на 2033 м над рівнем моря, у поєднанні з великою різноманітністю кліматичних типів, ізольованістю місцевості та відсутністю пасовищ для кочового худоби, стали передумовами для виникнення унікальних видів рослинності та особливостей клімату: останній змінюється від суто середземноморського до альпійського.
Місцеві пейзажі, створені поєднанням рослинності та морфології ґрунту, вирізняються рідкісною красою та різноманітністю. Вони унікальні й складають чарівність гори Афон, яка вже багато століть зберігається в недоторканності. Природне середовище гори Афон є невід’ємною частиною її культурної спадщини.
