Γεννημένος στην Ιερουσαλήμ, ο Μακάριος Μιχαήλ έλαβε εξαιρετική εκπαίδευση και αφιέρωσε τον εαυτό του στη μοναστική ζωή από νεαρή ηλικία. Μετά τον θάνατο του πατέρα του, η μητέρα και οι αδελφές του έλαβαν μοναστικούς όρκους. Ο Μιχαήλ χειροτονήθηκε πρεσβύτερος και, κατόπιν προσκλήσεως του Πατριάρχη Ιεροσολύμων, έγινε σύγκληρος. Εστάλη στη Ρώμη για να πολεμήσει την εικονοκλαστική αίρεση, αλλά υπέστη βασανιστήρια και φυλάκιση από τον αυτοκράτορα Λέοντα τον Αρμένιο.
Κατά τη διάρκεια των διωγμών κατά της Ορθοδοξίας, ο Μιχαήλ και οι σύντροφοί του, Θεόδωρος και Θεοφάνης, υπερασπίστηκαν σταθερά την πίστη παρά τις δοκιμασίες και τους διωγμούς. Ο Μιχαήλ φυλακίστηκε και εξορίστηκε σε μοναστήρι, όπου η υγεία του υπέστη, αλλά το πνεύμα του παρέμεινε αμετάβλητο. Μετά τον θάνατο του Θεοφίλου, υπό την Αυγούστα Θεοδώρα, η τιμή των εικόνων αποκαταστάθηκε και ο Μιχαήλ είχε την ευκαιρία να αναλάβει την καρέκλα του Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως, αλλά αρνήθηκε αυτό.
Συνέχισε να υπηρετεί ως σύγκληρος και έζησε μέχρι την ηλικία των 85 ετών, φεύγοντας ειρηνικά προς τον Κύριο. Τα λείψανά του βρίσκονται στη Μονή Παντοκράτορος στην Κωνσταντινούπολη. Ο Μακάριος Μιχαήλ άφησε αρκετά συγγράμματα, από τα οποία το καλύτερο είναι το "Ομολογία Πίστεως."
