Τον Σεπτέμβριο του 1841, στη Μονή Βατοπεδίου, υπό τον αρχιμανδρίτη Φιλάρετο, ξεκίνησε η εργασία για την επισκευή του αδελφικού ταφείου. Κατά την αποσυναρμολόγηση της στέγης, συνέβη μια κατάρρευση και οι εργάτες ανακάλυψαν μια ευωδία που προερχόταν από τα συντρίμμια. Μετά από περαιτέρω καθαρισμό, βρέθηκε ένα ανθρώπινο σκελετός, τοποθετημένος σε γονυκλισία με μια εικόνα της Υπεραγίας Θεοτόκου. Αυτό συνέβη στις 1 Οκτωβρίου.
Ο αρχιμανδρίτης Φιλάρετος και οι ιεράρχες που ήταν παρόντες στη μονή εντυπωσιάστηκαν από την ευωδία και κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι αυτά ήταν τα λείψανα ενός αγίου δούλου του Θεού. Κατά κοινή γνώμη, ονομάστηκε Ευδόκιμος. Οι απόψεις σχετικά με το πώς τα λείψανα του βρέθηκαν στο ταφείο διχάστηκαν, αλλά ο αδελφός Νικήφορος πρότεινε ότι ο άγιος είχε κρυφτεί εκεί πριν από τον θάνατό του, παίρνοντας μαζί του την εικόνα.
Στις 4 Οκτωβρίου, τα λείψανα του αγίου μεταφέρθηκαν στην καθεδρική εκκλησία με τιμή και ευλάβεια, και στις 5 Οκτωβρίου τοποθετήθηκαν στο ιερό βήμα.
Μεταξύ των θαυμάτων που επιτελέστηκαν από τον άγιο ήταν η θεραπεία ενός μοναχού που υπέφερε από φυματίωση, ο οποίος, αφού προσευχήθηκε στον άγιο, είδε σε όνειρο έναν μοναχό που του έδωσε ένα θεραπευτικό υγρό. Μετά την αφύπνιση, ένιωσε θεραπευμένος.
Ένα άλλο θαύμα ήταν η θεραπεία του μοναχού Γαβριήλ από αφόρητο πόνο του ισχιακού νεύρου. Προσευχήθηκε επίσης στον άγιο και είδε σε όνειρο έναν γέροντα που τον διαβεβαίωσε για την άμεση θεραπεία του. Μετά την αφύπνιση, ο Γαβριήλ ένιωσε υγιής και εκπλήρωσε την υπόσχεσή του, οργανώνοντας ένα ασημένιο λείψανο για τον άγιο.
Με τις προσευχές του αγίου πατέρα μας Ευδοκίμου, ας απαλλαγούμε από τις ασθένειες και να κληρονομήσουμε τη Βασιλεία των Ουρανών. Αμήν.
