Мученик Іоанн Михайлович Ковшаров народився в Одесі 1878 року в міщанській родині; його дід був відомим в Одесі іконописцем. Закінчив юридичний факультет Новоросійського (Одеського) університету, після чого до 1906 року працював в Одесі. У 1906 році переїхав до Санкт-Петербурга, де вступив до стану присяжної адвокатури помічником відомого петербурзького адвоката Ксаверія Валіцького. З 1908 року був присяжним повіреним Санкт-Петербурзького округу Судової Палати. Також він був зареєстрований як присяжний стряпчий при столичному комерційному суді.
Під час своєї адвокатської діяльності він вів майнові справи церковних організацій, з 1912 року — юрисконсульт Олександро-Невської лаври в Петрограді. У 1916 році увійшов до Правління Товариства об'єднаних петроградських православних парафій.
Навесні 1918 року Івана Ковшарова було обрано комісаром з єпархіальних справ «для представництва та захисту загальних прав та інтересів» Петроградської єпархії; він захищав Церкву, її служителів та майно від більшовицького уряду. Він робив це вміло, активно перешкоджав закриттю петроградських церков.
У травні 1922 року Івана Михайловича заарештували. У Петрограді розпочався «обвинувальний процес у справі про опір вилученню церковних цінностей». Визнати себе винним на суді він відмовився.
Згідно з вироком трибуналу, священномученики митрополит Петроградський і Ладозький Веніамін (Казанський) та разом з ним архімандрит Сергій (Шеїн), миряни Юрій Новицький та Іван Ковшаров були засуджені до розстрілу.
В ніч на 13 серпня 1922 року вони були розстріляні на Ржевському полігоні на околиці Петрограда в лісі, що примикає до Іринівської залізниці, і поховані в безіменній спільній могилі.
Мученик Іоанн Ковшаров був зарахований до лику святих новомучеників і сповідників Російських навесні 1992 року на Архієрейському Соборі Російської Православної Церкви.
