Мученик Иоанн родился в 1876 году в селе Рыково Владимирской губернии. Окончив сельскую школу, он переехал в Москву, где работал служащим. Живя на Донской улице, он стал прихожанином храма Ризоположения. В его квартире жили брат и сестра, и их жизнь напоминала монашескую общину. 2 ноября 1937 года Иоанн был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. На допросе он ответил, что не подтверждает антисоветские настроения Алексея Гаврина, у которого были посетители, обращавшиеся за религиозной помощью. Иоанн подтвердил, что почитает монаха Аристоклия и не разделяет мировоззрения советской власти. Он был обвинен в активном участии в контрреволюционной группировке и 23 ноября приговорен к расстрелу. Иоанн Емельянов был расстрелян 10 декабря 1937 года и погребен в безвестной могиле на полигоне Бутово.
