В феврале 1821 года на Святую Гору Афон прибывает национальный герой греческого восстания Эммануил Папас. Его главной целью было убедить святогорцев выступить против турецких захватчиков. Переговоры заняли несколько дней, а окончательное решение монахам помогла принять ужасная весть о казни Патриарха Григория V, которого казнили турки. В мае 1821 года в Протате состоялось официальное мероприятие, на котором Эммануил Папас был признан правителем Македонии (Северной Греции), а Афон согласился участвовать в его борьбе. На тот момент на Святой Горе Афон проживали 3000 монахов.
На своих собственных лодках святогорцы перевозили для повстанцев пушки и ружья, рыли окопы, посылали еду, деньги, изготавливали порох и помогали всем, чем могли.
Капитан Игумен Евфимий
Около полутора тысяч монахов вооружились и избрали своим капитаном игумена монастыря Эсфигмен Евфимия. Вместе с другими солдатами они сражались бок о бок на полуострове Халкидики, где была сосредоточена многочисленная армия турок, насчитывающая около 50.000 солдат. За период с Апреля по Октябрь 1821 года турки понесли потери в 20.000 человек.
Военные действия продлились 7 месяцев. Расчищая себе дорогу к Салоникам, святогорцы сражались храбро и смогли отвоевать деревни полуострова Халкидики, располагавшиеся на их пути. Город был достигнут достаточно быстро, но буквально на подступах их остановила десятитысячная армия противника. Монахи Афона были вынуждены отступить, так как подкрепление со стороны союзников сильно задерживалось.
Результатом восстания в Македонии стала величайшая катастрофа в истории Святой Горы, а также водворение турецкой армии на территории монашеского государства на последующие 9 лет.
Спасая святыни и сокровища
Видя, как турки расправляются с посмевшими выступить против них, святогорцы были уверены, что скоро придёт и их черед. Так, они начали подготавливать святыни монастырей к спасительному бегству. 9 Ноября представители 18 монастырей (кроме монастырей Кутлумуш и Ксенофонт) решили подписать мирное соглашение. К Великому Паше отправили гонцов.
Монастыри избежали полного разрушения, так как приняли условия Паши и Султана, пообещав, что они не примкнут вновь к восстанию.
Турецкая оккупация
Монастыри Святой Горы, с немногочисленными оставшимися монахами, были вынуждены выплачивать каждый месяц по 10.000 монет на зарплату солдатам. Некоторые монахи окончили свою жизнь в тюрьмах Салоник. В 12 из 20 монастырей с 1823 года проживали всего два-три монаха.