Иоанн Васильевич Попов родился 17 января 1867 года в городе Вязьме, Смоленской губернии, в семье священника. 19 января его крестил дед, протоиерей Михаил Попов. Он окончил Вяземское духовное училище и Смоленскую духовную семинарию, затем Московскую духовную академию, где стал профессором по кафедре патристики.
Иоанн Васильевич был активным участником научной жизни, редактировал журнал «Богословский вестник» и преподавал в Московском университете. В 1917 году защитил диссертацию «Личность и учение блаженного Августина» и стал ординарным профессором. Он также был членом Поместного Собора Российской Православной Церкви.
После закрытия Московской духовной академии в 1919 году продолжал преподавать на неофициальных курсах. В 1924 году был арестован и приговорен к трем годам лишения свободы, находился в Соловецком лагере, где работал учителем. Он стал одним из авторов «Соловецкого послания».
В 1931 году его вновь арестовали и приговорили к ссылке. В 1935 году он был арестован повторно и приговорен к пяти годам ссылки. В 1937 году Иоанн Васильевич был расстрелян по обвинению в контрреволюционной деятельности.
К лику святых причислен 30 июля 2003 года. Память мученика совершается 8 февраля и в Соборах новомучеников и исповедников Русской Церкви.
Величаем тя, страстотерпче святый Иоанне, и чтим честная страдания твоя, яже за Христа претерпел еси!
