Преподобный Иоанний (Гомолко) родился в 1842 году в семье офицера. В 1865 году пришел в Глинскую пустынь, где начал внутреннюю борьбу со страстями. В 1874 году был пострижен в мантию с именем Исайя, в 1880 году рукоположен в иеродиакона, а в 1884 году — в иеромонаха. В 1888 году стал настоятелем пустыни и был возведен в сан игумена. Он открыл Дом трудолюбия для обучения грамоте и ремеслам мальчиков-сирот, воздвиг Дальний скит и организовал издательскую деятельность обители.
В 1906 году принял схиму с именем Иоанний. Подвергся гонениям со стороны генерала П. Митропольского, который добился его увольнения в 1912 году. Преподобный, покидая пустынь, совершил чудо, перейдя по воде на другую сторону реки.
После его кончины он был погребен на братском кладбище Глинской пустыни. 8 мая 2008 года был причислен к лику местночтимых святых, а 30 ноября 2017 года Архиерейский Собор Русской Православной Церкви принял решение о его прославлении с установлением даты памяти 22 сентября в Соборе Глинских святых.
