В 2005 году Афон, впервые в современной истории, посетил глава Российского Государства. Несомненно, большую роль в становлении всего Афона, а не только монастыря Святого Пантелеймона, сыграл интерес руководства государства России к Уделу Богородицы. После визита Владимира Владимировича Путина в 2005 году монастырь обрёл новую жизнь. Святой Афон до сих пор возлагает на Россию большие надежды.
В 2016 году для русских монахов пошёл отсчёт нового тысячелетия. Примечательно, что начало этого нового тысячелетия совпало с выбором нового игумена монастыря Святого Пантелеймона.
Многие монахи предлагали отцу Евлогию выставить свою кандидатуру. Они уговаривали его, звонили ему в Стамбул. Отец Евлогий и тут проявил должную скромность и смирение.
Два тура голосования проходили в один день. В общей сложности, вся процедура заняла около 1 часа. Подсчитать голоса было нетрудно, т.к. участвовали в выборах всего 37 человек. Результаты объявили сразу же. Многие монахи удивлялись: «Как же это так!? Иеродиакона избрали в игумены».
Весть о том, что отец Евлогий стал игуменом монастыря, облетела весь свет в тот же день.
Согласно уставной хартии Святой Горы Афон, иеродиакона должны были рукоположить в иеромонахи. 14 октября Евлогия рукоположили в иеромонахи.
Также по законам Святой Горы на интронизацию нового игумена отводится не более одного месяца. Эту торжественную церемонию должна возглавлять особая комиссия Священного Кинота Афона — высшего органа управления. Игуменский посох вручается новому настоятеля представителями Великой Лавры. Эта древняя традиция до сих пор соблюдается с особой тщательностью.
Интересно, что новое тысячелетие, встреченное с новым игуменом, было предсказано афонскими старцами. В Троице-Сергиевой Лавре старец Наум около 30 лет назад также говорил об особом предназначении молодого инока: «хорошо бы отец Евлогий стал игуменом».