Скит пророка Ильи располагается западнее монастыря Пантократор, к которому он относится, на расстоянии 40 минут от обители, на высоте 140 м над уровнем моря. Здания скита построены амфитеатром, что обуславливает великолепный вид на море, который открывается с вершины холма.

Впервые скит появляется как келья в XV веке или чуть раньше. Известно, что в 1492 году у кельи было ежегодное содержание, назначенное самим Владом III Цепешем, правителем Влахии. В 1757 году здесь обосновался монахом преподобный Паисий Величковский, который вместе со своими 35 учениками добился преобразования кельи в скит.

Основными трудами и заботами братства скита остаются неустанная молитва, а также изучение и перевод церковных текстов с греческого на русский язык. Скит Пророка Ильи является прототипом общежительного скита на Святой Горе Афон.

В 1762 году преподобный Паисий вместе с учениками покинул скит и отправился в монастырь Симонопетра, а оттуда в Россию, оставив, тем не менее, богатую традицию, которой затем последует другой русский монах Аникита.

Иеросхимонах Аникита (в миру князь Сергей Александрович Ширинский-Шихматов) родился в 1783 году в селе Дерново Смоленской губернии. Отец Аникита и ещё 15 монахов прибывают сюда в июне 1835 года. Благодаря выдающейся личности князя Ширинского-Шихматова в скором времени этот скит становится широко известным.

Начинается масштабное строительство, результатом которого становятся южное и западное здания, построенные, соответственно, в 1839 и в 1849 году. Строительство внушительных размеров кафедрального собора скита начинается в 1900 году. Архитектурный план храма был послан на Святую Гору Афон самой Великой княгиней Александрой Петровной и был заверен ее подписью в октябре 1882 года. В те времена в распоряжении скита находились: мастерская, больница, фото-ателье, большая библиотека, паровая мельница и даже свой собственный корабль. Скит располагал метохиями в Одессе, Константинополе и других местах.

В первое десятилетие XX века здесь насчитывалось 500 монахов. Многие паломники устремляются сюда, чтобы поклониться двум чудотворным иконам Богородицы: Млекопитательница и Слезоточивая.